Nahezu alle heimischen Seen gehen auf die Eiszeit zurück. Die wachsenden Eismassen der Gletscherzungen schoben das Erdreich vor sich her und schütteten es an anderer Stelle wieder auf. Als die Eiszeitgletscher schmolzen, blieben Becken und Dämme zurück, in denen sich das Wasser sammelte. Dies war die Geburtsstunde vieler Seen.

Die meisten Seen leben aber nicht lange. Mit geologischen Maßstäben gemessen, haben sie eine verhältnismäßig kurze Lebensdauer. Das Seewasser versickert mit der Zeit im Boden und vom Ufer her erobern Pflanzen die Wasserfläche. Nach rund 10.000 Jahren sind viele kleinere Seen wieder zugewachsen und verlandet.

Dem Millstätter See droht diese Gefahr nicht. Er ist 141 Meter tief und enthält über 1,2 Millionen Kubikmeter Wasser. Damit ist er der wasserreichste See Österreichs.

Der riesige Wasserkörper ist aus mehreren Schichten aufgebaut. Die unterste Schicht über dem Seegrund besteht aus 4°C kaltem Bodenwasser. Bei dieser Temperatur hat das Wasser seine höchste Dichte – es ist also schwerer als das wärmere Wasser der darüber liegenden Schicht. Aus diesem Grund mischen sich die beiden Schichten nur selten.

Zu einer Durchmischung kommt es bei vielen Seen im Frühjahr, wenn sich das Wasser in der Tiefe aufwärmt, an Dichte verliert und aufsteigt sowie im Herbst, wenn das Wasser an der Oberfläche wieder abkühlt, dichter und schwerer wird und nach unten sinkt. Beim Millstätter See ist das allerdings nur selten der Fall. Der See ist so tief, dass sich die untere Wasserschicht nie ausreichend erwärmt. Das kalte, schwere Bodenwasser bleibt am Seegrund liegen.

Naturbelassene Seen wie der Millstätter See sind vielfältige Lebensräume mit einer artenreichen Tier- und Pflanzenwelt. Auch für den Menschen hat der große Wasserkörper – neben seiner Schönheit – viele Vorteile: Nach starken Niederschlägen sammelt er das Regenwasser und verringert das Risiko von Hochwässern. Indem die offene Wasserfläche Wärme speichert und Wasser verdunstet, trägt der See zu einem ausgeglichenen Klima bei. Bei großer Hitze kühlt der See seine Umgebung, bei Kälte wärmt er.