Viele der Zuflüsse der Kleinarler Ache sammeln sich im Jägersee, im Talschluss des Kleinarl-Tals auf 1099 Metern Seehöhe. Von dort fließt die Kleinarler Ache nach Wagrain, wo sie zum Wagrainer Bach wird, der weiterfließt nach St. Johann im Pongau und dort in die Salzach mündet – diese ist mit 225 Kilometern Länge der längste und wasserreichste Nebenfluss des Inn. Der Inn mündet in die Donau und diese wiederum in das Schwarze Meer. So wie die Namen der Flüsse und deren Umgebung ändert sich auch deren Charakteristik am Weg von der Quelle bis zur Mündung ins Meer. 

Die Quelle ist der Beginn eines oberirdischen Fließgewässers und zeichnet sich durch einen niedrigen Nährstoff- und Sauerstoffgehalt aus.  Pflanzen und Tiere siedeln sich hier nur wenige an. 

Im Oberlauf des Baches ist das Gefälle stark, es wird eine hohe Fließgeschwindigkeit erreicht und das Wasser hat viel Kraft. Gesteinsmaterial wird über die Bäche talwärts befördert. Größere Steine und Blöcke strukturieren ein abwechslungsreiches Bachbett. Kleine Steine und Feinmaterial werden weggeschwemmt. Einige Wasserpflanzen und Tiere trotzen der starken Strömung mit speziellen Anpassungen: etwa die Forelle mit ihrer stromlinienförmigen Körperform oder die Larve der Lidmücke, die sich mit speziellen Saugnäpfen an Steinen festhält.

Im ruhiger fließenden Mittellauf setzt sich feineres Substrat ab, hier können Wasserpflanzen wurzeln. Typisch für den Mittellauf ist ein hin- und herpendelnder Gewässerverlauf. Am flachen Gleithang ist die Fließgeschwindigkeit des Wassers geringer, hier kann sich mitgeführtes Material ablagern – so können Schotterbänke entstehen, die Lebensräume für eine Vielzahl an Pflanzen und Tiere bieten. Am steilen Prallhang hingegen „nagt“ das Wasser am Gestein, Material wird abgetragen.

Im Unterlauf des Flusses wird das Flussbett breiter und die Fließgeschwindigkeit nimmt weiter ab. Hier bilden sich charakteristische Flussschlingen, auch Mäander genannt. An naturbelassenen Flüssen entstehen hier ausgedehnte Auen mit Auwäldern, Altarmen und Tümpeln – ein Dorado für eine artenreiche Tier- und Pflanzenwelt. Und auch für uns Menschen sind diese Landschaften von besonderer Bedeutung, weil Auen bei starken Regenfällen die Wassermassen zurückhalten und so Überschwemmungen in den flussab gelegenen Regionen verhindern.

Mündet der Fluss schließlich nach seiner langen Reise ins Meer, so mischen sich Salz- und Süßwasser zu Brackwasser. An diese Lebensbedingungen sind nur wenige Tier- und Pflanzenarten angepasst, darunter einige bekannte Fischarten wie der Hecht, der Zander oder die Flunder.